知网查重是指利用知网平台进行文献查重，主要用于学术论文查重。而学校本科查重则是指学校内部对本科生提交的论文进行查重，以确保学术诚信。知网查重更注重学术性和专业性，对文献来源和引用进行严格检测；而学校本科查重则更注重对学生的学术诚信和独立思考能力的培养，通常会结合学校的学术规范和要求进行评估。

此外，知网查重通常需要购买知网服务或通过学校提供的账号进行查重操作，而学校本科查重则由学校教师或指导老师负责进行。知网查重结果更专业和全面，可以提供详细的查重报告和相似度分析；而学校本科查重则更偏向于教育性质，旨在引导学生正确引用和参考文献，避免抄袭和剽窃行为。